哥斯拉称王之后，被世界人民视为神，金刚远在骷髅岛，目睹了哥斯拉的力量，内心暗暗发誓，哪怕哥斯拉只有1%的几率变坏威胁地球，也要将其消灭，反派老狮子为了报复哥斯拉，大肆破坏骷髅岛，并留下哥斯拉的辐射，金刚怒不可遏准备与哥斯拉大战。

哥斯拉与金刚在某大城市相遇，希望劝说金刚二人是被设局，金刚大吼：Do you bleed！金刚用老狮子暗中支援的武器，即将击杀哥斯拉时，哥斯拉虚弱的说道：mothra(魔斯拉)……金刚顿时慌了神，原来金刚的前女友也叫mothra，两只巨兽这才坐下来商谈，发现都是老狮子的阴谋，就在这时，美国大面积停电，经由老狮子结合人类科技改造的机械基多拉，从天而降，金刚与哥斯拉决定联手抗敌，几番激战之后，两只巨兽依然不敌，突然，一个日本青年，掏出一个金属，大喊：迪迦！一个巨人从天而降……经过艰难战斗，三人终于打败了机械基多拉，老狮子也被抓进监狱，老狮子在监狱冷笑说道：A Lannister always pays his debts……人类一方决定开始创造新的武器对抗巨兽，贼鸥计划就此启动，第一台机甲代号危险流浪者，与此同时，地球深处出现一个异次元通道，大量开菊兽从地底爬出……